崇祯十七年，京城陷落后，黄道周在弘光朝廷中出任礼部尚书，可惜的是，后来清兵南下攻陷了南京，弘光帝仓惶出逃，惨遭叛徒出卖；黄道周于是改仕隆武朝廷，隆武帝倒是委他以兵部尚书加大学士的重任，可惜的是，朝廷的兵马大权实际掌握在被招安的海盗头子--郑芝龙手上。
建虏进攻隆武朝廷的门户之地--江西赣州，此时的郑芝龙已经与建虏“勾勾搭搭”、”互传秋波“，他一心只心在福建割据称王，坐视赣州被清军围攻，拒绝隆武帝的诏令，以无兵无饷为由不发兵救援。黄道周为了抗清事业，向隆武皇帝自请去支援赣州，隆武皇帝虽然知道黄道周是个文人，并不是带兵之人，然而朝堂都是郑芝龙的人，实在无人可用，于是他派了施琅去给黄道周当副将。
南明隆武元年（公元一千六百四十五年）七月，黄道周从福建出发，前往江西赣州，他的夫人蔡氏叹息道：“自古到今，我还从来没有听说过大将在朝中把持朝政，却让丞相带兵出征能够成功的，道周漂泊半生，虽然遇到了赏识他的主人，却为时已晚了！“
虽然同为儒学宗师，黄道周相比于刘道周还是要通达权变一些，黄道周在福建募集了一支几千人的义军，然而这支军队主要成分还是农民，军