宣宗皇帝看到这种情况，“龙颜大悦“，任命于谦为江西巡抚，他在江西时间，通过明察暗访，平定了不少冤案，当地百姓都称赞于谦的公正廉明，宣宗皇帝又破格任命于谦为兵部右侍郎。
正统六年（公元一千四百四十一年），于谦向英宗皇帝上疏言：“今河南、山西积谷各数百万。请以每岁三月，令府州县报缺食下户，随分支给。先菽秫，次黍麦，次稻。俟秋成偿官，而免其老疾及贫不能偿者。州县吏秩满当迁，预备粮有未足，不听离任。仍令风宪官以时稽察。“英宗皇帝同意了他的请求。
于谦深得朝中内阁大臣杨士奇、杨荣、杨溥等人的器重，认为他是朝中未来的顶架柱，有什么国家大事都和他一起商量；王振专权后，因为于谦向来不向他行贿，命人诬陷于谦怨恨自己长期得不到升迁，将他下狱；得知于谦被关押的消息后，山西、河南官吏、民众皆伏阙上书，请求释放于谦者，数以千计，周、晋诸王亦为于谦请命，王振见势头不对，于是将于谦释放，官复原位。
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于谦认为“国不可一日无君”，太子又年幼，建议拥郕王朱祁钰为帝，朱祁钰惊惧不肯接受，于谦曰：“臣等诚忧国家，非为私计。“郕王朱祁钰这才受命登基