挚友归庄、吴其沆等人投笔从戎，参加了佥都御史王永柞为首的一支义军，可惜不敌气焰正炽的八旗精锐，义军刚攻进苏州城即遇伏而溃，松江、嘉定亦相继陷落。
顾炎武潜回昆山，又与杨永言、归庄等守城拒敌，不数日昆山失守，死难者多达四万，吴其沆战死，顾炎武生母何氏右臂被清兵砍断，两个弟弟被杀，炎武本人则因城破之前已往语濂径而侥幸得免。
九天后，常熟陷落，炎武嗣母王氏闻变，乃绝食殉国，临终嘱咐炎武，说：“虽说我是一个妇人，与国俱亡，那也是一种大义，你不是他国的臣子，不辜负世代国恩浩荡，不忘记先祖的遗训，那么我就可以长眠地下了。”
这年闰六月，明宗室唐王朱聿键在福州称帝，年号隆武，经大学士路振飞推荐，隆武帝遥授炎武为兵部职方司主事。
由于嗣母新丧，炎武一时难以赴任，便偕同前兵科给事中陈子龙等暗中策动清将吴胜兆举义反正，后因事情败露，子龙等被逮遇害，炎武多方营救未成，孤身离家出亡避祸……
虽因弘光、隆武等南明政权先后瓦解，炎武亲身参与的抗清活动也一再受挫，但是，此时年仅三十二岁的顾炎武并未因此而颓丧，他誓不损节，不为清朝服务。