军入关之后，解决大半，仅仅是不用养活卫所，便是每年增加一千多万的财政，全国各地的卫所陆续被撤销，军户改平民，世官改流官，唯有山东不同，为了防海，山东留了六个卫所，而这两个卫所大多位于胶东，也是合众国打击的存在。
山东军管会和北洋战区对卫所军户进行了区分，对于百户以上的权贵一律视为仕清叛逆，抄家籍奴与缙绅无异，而百户以下的普通军户则视为难民，不去侵扰，相反，北洋战区在胶东各卫所大量招募士卒加入治安军，山东的卫所虽然已经败坏，到底还是比农夫还强一些，至少握矛持刀的本事是祖上传来的。
卫所官兵被分化后，大量的世袭军官阶层被清算，虽然只有六个卫所，但世袭军官确实不少，仅仅是成山卫就被抓住了十二个卫指挥史，很多世袭军官是从明太祖、成祖时期世袭下来的，事实上，卫所制度除了刚刚成立的很短时间，大部分时候根本没有达到朱元璋的愿望——养兵百万而不费百姓一粒米。因为世袭，所以每年地方要截留许多税收养活这些世袭军官，而世袭军官阶层在科举、纳税方面也有特权，事实上，山东的卫所，一直到雍正时期才被废止。
虽然分化了官与兵，但军管会并未废止卫所在纳粮交税方面的特权，主要是