虏还是海军都加入到了修船之中，战斗已经结束了，大家都是一条船上的人，船若是沉没了，谁也捞不到好处。
最先的修船是进行损管作业，除了排水，就是堵住进水的孔洞，先保住船不沉没再说，之后才是恢复动力，修船一直持续了三天，爪哇海战的总结终于送达了李明勋的手中。
在整个爪哇海战中，巴达维亚舰队一共损失了三十九艘船，其中有被大舰队击沉的也有主动焚毁的，东印度公司方面，绝大部分的海军战舰被击毁，逃离的船只除了一些东印度大帆船，就是巡航舰、盖伦船一类的小型船，大舰队一共抓抓住了八千二百四十人的俘虏，其中白人和混血在两千八百人左右。在损失的三十九艘船中，有十二艘是被大舰队俘获的，实际上，巴达维亚舰队的损失不止这些，在逃亡途中，也有一些荷兰船只沉没或者被丢弃，而根据东印度公司的统计，在爪哇海战后，一共有三十五艘船逃回了荷兰控制的各个港口，回来的人数在一万两千人左右，也就是多达一万三千人战死或被俘、失踪。
合众国一方的损失也非常严重，因为大舰队是胜利者，所以可以非常细致的清点损失，大舰队总计损失了十一艘船，包含三艘逆戟鲸级的主力舰，两艘虎鲨级重炮舰，还有三艘盖伦船，