一艘巡航舰和两艘护卫舰，此外，全舰队所有船只都遭受了不少的损伤，在回国过程中，还有两艘军舰因为遭遇恶劣天气，最终还是被放弃，爪哇海战之中，大舰队还能投入战斗的船只只剩下了十四艘。
唯一让李明勋感觉到庆幸的是，洲际贸易船和战列舰没有一艘沉没，洲际贸易船是因为一直没有承受艰难险重的任务，而战列舰纯粹是因为实力强横，而大部分的战果也与战列舰有关。
大战之后，重伤的海军军舰前往文岛港进行维修，部分船只返回了马尼拉和巴达维亚，而缴获的荷兰船只中，大部分就近在苏卡达纳、泗水等盟属港口维修。
可以说，爪哇海战决定了未来二十年谁是东方世界的海上霸主，而合众国显然抓住了这一机会，夺得了头把交椅，虽然大舰队损失严重，但逃走的巴达维亚舰队损失更大，哈鲁斯和德约特虽然逃跑方向不同，但是有一个共同认知，那就是合众国海军舰队会在取胜之后前往巴达维亚，所以这二人没有敢返回巴达维亚，德约特带领他的小舰队越过马六甲海峡前往了锡兰，在途中还突袭了槟城港和玻璃港，造成了不小的损失，而哈鲁斯直接前去了香料群岛，但无论哪个港口，都没有巴达维亚的修船能力，且双方交通联络困难，所以即便纸面