年，元中统二年于辽东设“总管高丽、女真、汉军万户府”通化属之。通化县大都岭镇出土了元朝左卫阿亲军千户所印。
公元1287年，元至元二十四年，置辽阳行省，通化属辽阳行省辽阳路婆娑府。
公元1377年朱元璋推翻元朝统治，洪武十年设立辽东指挥使司。公元149年，明永乐七年，又增设奴尔干都司，下设卫、所，此时女真人不断南徒，通化为女真人主要集居地区，通化属奴尔干都司建州卫。
公元1616年，明万历四十四年，建州卫都佥事努尔哈赤称汗，建立金（后金）政权，以赫图阿拉（今辽宁省新宾县老城）为都，通化地区为清王朝入关前的重要基地。
公元1646年，清定都北京，在东北前后设置盛京、吉林、黑龙江将军，统帅官兵分地管辖，镇守边陲。公元1657年，置奉天府，通化为奉天府管辖。
通化市于光绪三年（1877年）设治，始称“通化”。
198年析置临江县、长白县、辑安县、柳河县，1913年划归奉天东边道，1931年为伪通化省省会，1937年属通化省，1942年析通化县通化街置通化市，属通化省。
1945年为伪满洲国都。