，如长州藩、萨摩藩、土佐藩，却愈来愈强大，此消彼长，天皇开始不听话了。
究其竟，不过是对于天皇来说，外边有了强援，可以拿来平衡幕府的势力；对于“雄藩”来说，可以挟天子而向幕府要求更多的权利。
比如，贝里“黑船来航”后，永嘉七年，即1854年，日本和美国签的《日米和亲条约》，也即《神 奈川条约》，根本就没经过什么“天皇敕许”；但到了安政五年，即1858年，要签《日米修好通商条约》的时候，众议汹汹，幕府觉得自己一家子吃不住劲儿，就跑去找天皇签字。
没想到孝明天皇闹起了别扭，死活就是不肯签。最后幕府没法子，时任“大老”的井伊直弼，在没有天皇“敕许”的情况下，硬是和美国人签了约。结果舆论哗然，政敌借此群起攻之。井伊直弼乃兴起“安政大狱”，大肆打压反对派，也因此种下了日后“樱田门之变”被刺杀的肇因。
所以，这个“天皇敕许”，不是那么容易拿到的。特别是第二次长州征伐，和第一次征伐长州颇有不同。第一次征伐长州，是因为长州藩进攻皇宫，地道的“乱臣贼子”，幕府讨之，师出有名；这一次颇有人以为师出无名，不能算是“义师”，更何况还要向外国借兵？那不成了