事实上，同本愿寺关系真正好的，是被幕府架空了的皇室。
战国时代，群雄并起，你方唱罢我登场，天皇被这个幕府、那个大名，倒腾来、倒腾去，长年处于一种风雨飘摇的状态之中，本愿寺看出便宜，主动拿出自己的一部分香火钱，向天皇“进贡”——这笔钱，数目或许不是很大，但对于穷嗖嗖的天皇来说，已算得上雪中送炭了。
于是，投桃报李，天皇锡赐本愿寺“御门迹”、门主“权僧正”——这成为本愿寺权力合法性的来源，以及进一步开扩展势力的最重要的凭藉。
另外，既然土地、人民都掌握在幕府、大名手里，天皇只是一个空架子，本愿寺和皇室之间，便不存在任何前述大寺、大名之间的那种利益冲突，彼此只有需求而无冲突，本愿寺的“尊王”，就是顺理成章的了。
门主同公卿之间的世代联姻，既是“尊王”之必然，同时，也反过来加强了本愿寺“尊王”的倾向，将本愿寺和皇室更紧密的捆绑在一起。
而“尊王”和“倒幕”，在这个时代的日本，是有某种必然的逻辑联系的。
靠……
关卓凡重重的透了口气，心说，原时空的“倒幕”，本愿寺似乎并没怎么掺和呀，本时空，