政权组织系统并非很复杂，下属皆以土司之命惟从，当职人员又熟知职责所在，所以在正常情况下，还是能够十分顺畅办理事务的。
军事结构.土司拥有土兵，分为两种形式:1.土司衙门的亲兵。
这是经土司授权后，为维护地方的社会安宁，边疆的稳定，保卫衙门及镇压属民反抗等而设立的组织。
亲兵直属土司指挥，平时担任衙门和司官官宅的守卫，战时随土司出征。
如1903年，南甸土司刀定国制造的“小邦杏惨案“就是操纵120名土司兵完成的。
可见，土司兵数量不菲。
其次是各民族义务兵，这是由当地各族百姓中的男子担任，每户都有义务兵，平时耕种，遇战事要自带武器粮食随同土司出征.。
并且，土司还有霜降操练的传统。
法律，教育制度，土司是其辖地法律的最高体现者，所有的法律条文都集中体现了土司的利益和要求，属民的生命完全由土司主宰着。
土司衙门差房内专门设有监狱和各种酷刑，至今南甸司署保留下来的血孔铡刀就是明证。
属民被施刑后，还要被迫交纳“棍子钱““链子钱“等。
明朝严