组成联合舰队，虽然这一次是在近海作战，在登州还有一个基地，可以提供补给，因此并没有出动后勒运需船，但各种战船相加，也达到八十三艘，其中主力战船为五十三艘、辅助战船为二十三艘、飞剪船七艘。千吨以上的战船共有八艘。
另外在出兵之前，商毅也写信给福建绍武朝廷的郑成功，通告他南京将向清廷发动进攻了。这两年来，郑成功一直都在泉州驻军，招兵买马，打造战船，现在部下的人马己有七八万余众，各种船只二百余艘，只等着商毅大举北伐，好率军和商毅一起出战，好为母亲报仇，因此闻迅之后，也亲自率领三十二战船，赶到杭州，和联合舰队一起出航北上。
其实这次出兵有没有郑成功的舰队助战，并不影响最后战局的胜负，但因为在此前商毅曾经答应过郑成功，一但出兵北伐攻清，必然叫上郑成功，一同出兵。而另一个更加重要的原因是，郑成功出兵之后，商毅和郑成功也正式结成抗清联盟，现在绍武朝廷的主要军事力量都在郑成功手里，因此也就不必担心绍武朝廷在背后捣乱，同时还可以借助郑成功的兵力，牵制住广东的永安朝廷。这样一来南明的三个朝廷，一下子去掉了两个，就算永历朝廷在有什么动作，江西军区也能够轻易对付了。