、将领掌军权，大断事官掌司法权，中书省掌行政、财政大权的三权分立的局面。直到这时，耶律楚材才由掌文书、管占卜的必阎赤变成了蒙古大汗名符其实的亲臣、重臣。
反对屠杀政策，保护百姓生命早在成吉思汗时，耶律楚材就不断宣传好生恶杀的道理，既反对蒙古军队的大肆屠杀，也反对州郡长吏，生杀任情。窝阔台南征金朝时，他又建议窝阔台下达了逃难之民，来降者免死的诏令。
金朝首都开封即将被攻破时，大将速不台派使臣到蒙古汗廷说：“金人抗拒持久，我军多死伤，再攻下城之日，宜以屠城。”
耶律楚材听到这个消息，立即驰马进宫禀奏：“将士征斗了数十年，所想到得到的就是土地与人民？光得到土地没有人民，有什么用处？”
窝阔台同意了他的建议，当时汴梁城共有一百四十七万人，正是由于耶律楚材的建议才得以保全生命。禁止掠民为驱口，在早期的征伐战争中，许多被征服地的百姓变成了蒙古贵族的驱口，沦为奴隶。耶律楚材力图改变这种状况，提出括户口，皆籍为编民。
禁止以权谋私西域各国实行的是一种由商人包税的扑买制度，后来一些西域和汉族商人要求把这种制度搬到中原，耶律楚材坚决反对。从表面看