受命全权筹设中书省，蒙古帝国开始有了中央的行政机构。中书省虽然只是秘书处一类的班子，但因它关系到发放文书、处理文件等重要事务，实际上权力还是很大的。
在蒙古兴起、征伐金国的过程中，有一大批金国官将和地主武装的首领归附了蒙古，主要是汉人，也有契丹人和女真人。他们逐渐成为蒙古新的权贵，形成了**一方的地方势力。蒙古国时期还实行分封制，统治者把北方的一些州县分封给诸王、功臣、驸马作为投下，这些权贵的官职和地盘是世袭的。
在他的辖区内，他们集军、民、财权于一身，既是军事长官，又是行政长官，他们可以自辟衙属，任命属官，自定赋税，进行征收，这很类似于唐代的藩镇。虽然他们的献纳和军队是蒙古国财政和军事的主要来源，但是他们独霸一方的状态从根本上说是不利于蒙古国的统治。
各汉人世侯拥有一批兵农合一的依附人口和大量驱奴，这种人生依附关系强化的现象实际上是一种退步，是部落酋长制及奴隶制式的管理方式，也是蒙古早期分封制与中原封建生产关系的一种特殊的结合。
蒙古国的法制是极其幼稚，随着蒙古国统治地区的扩大，社会治安、吏制等问题日益严重。成吉思汗定下的类似于部落联盟